近似最大 k-割

术语表

有向

有向特性。该算法在有向图上定义良好。

有向

有向特性。该算法忽略图的方向。

有向

有向特性。该算法不在有向图上运行。

无向

无向特性。该算法在无向图上定义良好。

无向

无向特性。该算法忽略图的无向性。

异构节点

异构节点完全支持。该算法能够区分不同类型的节点。

异构节点

异构节点允许。该算法对所有选定的节点进行相似处理,无论其标签如何。

异构关系

异构关系完全支持。该算法能够区分不同类型的关系。

异构关系

异构关系允许。该算法对所有选定的关系进行相似处理,无论其类型如何。

加权关系

加权特性。该算法支持将关系属性用作权重,通过relationshipWeightProperty配置参数指定。

加权关系

加权特性。该算法将每个关系视为同等重要,并丢弃任何关系权重的值。

简介

图的 k-割是将其节点划分为 k 个不相交社区的任务。例如,对于具有节点 a,b,c,d 的图,一个 2-割可以是社区 {a,b,c}{d}

最大 k-割是一种 k-割,使得 k-割中不同社区节点之间关系的权重总和最大化。也就是说,最大化 k-割中源节点和目标节点分配给不同社区的关系权重之和的 k-割。假设在上面简单的 a,b,c,d 节点集示例中,我们只有一个关系 b → c,其权重为 1.0。那么我们上面概述的 2-割将不是最大 2-割(割成本为 0.0),而例如社区为 {a,b}{c,d} 的 2-割将是最大 2-割(割成本为 1.0)。

k = 2 时,最大 k-割与最大割相同。

此功能处于 Alpha 阶段。有关功能阶段的更多信息,请参阅API 阶段

应用

寻找图的最大 k-割有几个已知的应用,例如它用于

  • 分析蛋白质相互作用

  • 设计电路 (VLSI) 布局

  • 解决无线通信问题

  • 分析加密货币交易模式

  • 设计计算机网络

近似

在实践中,对于大型图而言,找到最佳割点是不可行的,只能在合理的时间内计算近似值。

GDS 中实现的近似启发式算法是一种并行化的GRASP风格算法,可选地(通过配置)通过可变邻域搜索 (VNS) 进行增强。

有关该算法的串行版本(构造阶段略有不同)的详细信息,当 k = 2 时,请参阅论文中的 GRASP+VNR

要了解上述算法在 k = 2 时与其它算法相比的解决方案质量表现,请参阅论文中的 FES02GV

由于算法的随机性,除非以单线程(concurrency = 1)运行并使用相同的随机种子(randomSeed = SOME_FIXED_VALUE),否则其结果将不确定。

调优算法参数

有两个重要的算法特定参数,它们允许您权衡解决方案质量和更短的运行时间。

迭代次数

GRASP 风格的算法本质上是迭代的。每次迭代都运行相同的明确定义的步骤来得出解决方案,但每次都使用不同的随机种子,从而产生(很可能)也不同的解决方案。最后,得分最高的解决方案被选为优胜者。

VNS 最大邻域阶数

可变邻域搜索 (VNS) 的工作原理是:在算法迭代中,轻微扰动从先前步骤中获得的局部最优解,然后局部优化这个被扰动的解。在这种情况下,扰动意味着随机地将一些节点从其当前(局部最优)社区移动到另一个社区。

VNS 将依次移动 1,2,…​,vnsMaxNeighborhoodOrder 个随机节点,并使用每个结果解尝试找到一个新的、更好的局部最优解。这意味着,虽然使用 VNS 可能会获得更好的解决方案,但它会花费更多时间,此外还需要更多内存来临时存储被扰动的解决方案。

默认情况下,不使用 VNS (vnsMaxNeighborhoodOrder = 0)。要使用它,可以从尝试最大阶数等于 20 开始。

语法

本节介绍在每种执行模式下执行近似最大 k-割算法所使用的语法。我们正在描述命名图语法的变体。要了解有关通用语法变体的更多信息,请参阅语法概述

示例 1. 每种模式的近似最大 k-割语法
在命名图上以流模式运行近似最大 k-割。
CALL gds.maxkcut.stream(
  graphName: String,
  configuration: Map
) YIELD
  nodeId: Integer,
  communityId: Integer
表 1. 参数
名称 类型 默认值 可选 描述

graphName

字符串

不适用

存储在目录中的图的名称。

配置

映射

{}

算法特定和/或图过滤的配置。

表 2. 配置
名称 类型 默认值 可选 描述

nodeLabels

字符串列表

['*']

使用给定节点标签过滤命名图。将包含具有任何给定标签的节点。

relationshipTypes

字符串列表

['*']

使用给定关系类型过滤命名图。将包含具有任何给定类型的关系。

concurrency

整数

4 [1]

运行算法所用的并发线程数。

jobId

字符串

内部生成

可以提供一个 ID,以便更轻松地跟踪算法的进度。

logProgress

布尔值

true

如果禁用,则不会记录进度百分比。

k

整数

2

节点将被划分为的不相交社区的数量。

iterations

整数

8

算法在返回所有迭代中的最佳解决方案之前将运行的迭代次数。

vnsMaxNeighborhoodOrder

整数

0(VNS 关闭)

VNS 在扰动解决方案时将交换的最大节点数。

randomSeed

整数

不适用

一个随机种子,用于计算中的所有随机性。需要 concurrency = 1

relationshipWeightProperty

字符串

null

如果设置,则给定属性中存储的值在计算期间用作关系权重。如果未设置,则图被视为无权重。

minCommunitySize

整数

0

只返回社区大小大于或等于给定值的节点。

1. 在 GDS 会话中,默认值为可用处理器数量

表 3. 结果
名称 类型 描述

nodeId

整数

节点 ID。

communityId

整数

社区 ID。

在命名图上以变异模式运行近似最大 k-割。
CALL gds.maxkcut.mutate(
  graphName: String,
  configuration: Map
) YIELD
  cutCost: Float,
  preProcessingMillis: Integer,
  computeMillis: Integer,
  postProcessingMillis: Integer,
  mutateMillis: Integer,
  nodePropertiesWritten: Integer,
  configuration: Map
表 4. 参数
名称 类型 默认值 可选 描述

graphName

字符串

不适用

存储在目录中的图的名称。

配置

映射

{}

算法特定和/或图过滤的配置。

表 5. 配置
名称 类型 默认值 可选 描述

mutateProperty

字符串

不适用

GDS 图中用于写入近似最大 k-割的节点属性。

nodeLabels

字符串列表

['*']

使用给定节点标签过滤命名图。

relationshipTypes

字符串列表

['*']

使用给定关系类型过滤命名图。

concurrency

整数

4

运行算法所用的并发线程数。

jobId

字符串

内部生成

可以提供一个 ID,以便更轻松地跟踪算法的进度。

k

整数

2

节点将被划分为的不相交社区的数量。

iterations

整数

8

算法在返回所有迭代中的最佳解决方案之前将运行的迭代次数。

vnsMaxNeighborhoodOrder

整数

0(VNS 关闭)

VNS 在扰动解决方案时将交换的最大节点数。

randomSeed

整数

不适用

一个随机种子,用于计算中的所有随机性。需要 concurrency = 1

relationshipWeightProperty

字符串

null

如果设置,则给定属性中存储的值在计算期间用作关系权重。如果未设置,则图被视为无权重。

表 6. 结果
名称 类型 描述

cutCost

浮点数

连接不同社区节点的全部关系权重之和。

preProcessingMillis

整数

数据预处理的毫秒数。

computeMillis

整数

运行算法的毫秒数。

postProcessingMillis

整数

计算统计数据的毫秒数。

mutateMillis

整数

向投影图添加属性的毫秒数。

nodePropertiesWritten

整数

添加到投影图的属性数量。

配置

映射

运行算法所使用的配置。

示例

以下所有示例都应在空数据库中运行。

这些示例以Cypher 投影为准。原生投影将在未来的版本中弃用。

在本节中,我们将展示在具体图上运行近似最大 k-割算法的示例。目的是说明结果如何,并提供在实际环境中如何使用该算法的指南。我们将在一个小型的比特币交易图上进行此操作,该图由少量以特定模式连接的节点组成。

Visualization of the example graph
以下 Cypher 语句将在 Neo4j 数据库中创建示例图
CREATE
  (alice:Person {name: 'Alice'}),
  (bridget:Person {name: 'Bridget'}),
  (charles:Person {name: 'Charles'}),
  (doug:Person {name: 'Doug'}),
  (eric:Person {name: 'Eric'}),
  (fiona:Person {name: 'Fiona'}),
  (george:Person {name: 'George'}),
  (alice)-[:TRANSACTION {value: 81.0}]->(bridget),
  (alice)-[:TRANSACTION {value: 7.0}]->(doug),
  (bridget)-[:TRANSACTION {value: 1.0}]->(doug),
  (bridget)-[:TRANSACTION {value: 1.0}]->(eric),
  (bridget)-[:TRANSACTION {value: 1.0}]->(fiona),
  (bridget)-[:TRANSACTION {value: 1.0}]->(george),
  (charles)-[:TRANSACTION {value: 45.0}]->(bridget),
  (charles)-[:TRANSACTION {value: 3.0}]->(eric),
  (doug)-[:TRANSACTION {value: 3.0}]->(charles),
  (doug)-[:TRANSACTION {value: 1.0}]->(bridget),
  (eric)-[:TRANSACTION {value: 1.0}]->(bridget),
  (fiona)-[:TRANSACTION {value: 3.0}]->(alice),
  (fiona)-[:TRANSACTION {value: 1.0}]->(bridget),
  (george)-[:TRANSACTION {value: 1.0}]->(bridget),
  (george)-[:TRANSACTION {value: 4.0}]->(charles)

有了 Neo4j 中的图,我们现在可以将其投影到图目录中,以准备算法执行。我们使用 Cypher 投影来完成此操作,目标是 Person 节点和 TRANSACTION 关系。

以下语句将投影一个图并将其存储在图目录中,名称为 'myGraph'。
MATCH (source:Person)-[r:TRANSACTION]->(target:Person)
RETURN gds.graph.project(
  'myGraph',
  source,
  target,
  { relationshipProperties: r { .value } }
)

内存估算

首先,我们将使用 estimate 过程估算运行算法的成本。这可以在任何执行模式下完成。在此示例中,我们将使用 mutate 模式。估算算法有助于了解在图上运行算法对内存的影响。当您稍后实际在其中一种执行模式下运行算法时,系统将执行估算。如果估算显示执行极有可能超出其内存限制,则将禁止执行。要了解更多信息,请参阅自动估算和执行阻止

有关 estimate 的更多详细信息,请参阅内存估算

以下将估算运行算法所需的内存
CALL gds.maxkcut.mutate.estimate('myGraph', {mutateProperty: 'community'})
YIELD nodeCount, relationshipCount, bytesMin, bytesMax, requiredMemory
表 7. 结果
nodeCount relationshipCount bytesMin bytesMax requiredMemory

7

15

488

488

"488 字节"

变异

mutate 执行模式扩展了 stats 模式,并带有一个重要的副作用:用包含该节点近似最大 k-割的新节点属性更新命名图。新属性的名称使用强制配置参数 mutateProperty 指定。结果是一个单一的摘要行,类似于 stats,但带有一些额外的指标。当多个算法结合使用时,mutate 模式特别有用。

有关 mutate 模式的更多详细信息,请参阅变异

以下将在 mutate 模式下运行算法
CALL gds.maxkcut.mutate('myGraph', {mutateProperty: 'community'})
YIELD cutCost, nodePropertiesWritten
表 8. 结果
cutCost nodePropertiesWritten

13.0

7

我们可以看到,当不考虑关系权重时,我们得出了一个成本为 13.0 的两(因为我们没有覆盖默认的 k = 2)社区割。总成本由这里的 cutCost 列表示。这是我们希望尽可能高的值。此外,图 'myGraph' 现在具有一个节点属性 community,用于存储每个节点所属的社区。

要检查每个节点属于哪个社区,我们可以流式传输节点属性

流式节点属性
CALL gds.graph.nodeProperty.stream('myGraph', 'community')
YIELD nodeId, propertyValue
RETURN gds.util.asNode(nodeId).name as name, propertyValue AS community
表 9. 结果
名称 社区

"Alice"

0

"Bridget"

0

"Charles"

0

"Doug"

1

"Eric"

1

"Fiona"

1

"George"

1

查看我们的图拓扑,我们可以看到社区 1 的节点之间没有关系,而社区 0 的节点之间有两条关系,即 Alice → BridgetCharles → Bridget。然而,由于 Bridget 和社区 1 的节点之间总共有八条关系,而且我们的图是无权重的,将 Bridget 分配给社区 1 不会产生更高总权重的割。因此,由于连接不同社区节点的数量大大超过连接同一社区节点的数量,这似乎是一个很好的解决方案。事实上,这就是该图的最大 2-割。

由于近似最大 k-割算法固有的随机性(除非 concurrency = 1randomSeed 固定),再次运行可能会产生不同的解决方案。对于我们的情况,获得逆解也是同样合理的,即当我们的社区 0 节点映射到社区 1 而不是社区 0 时,反之亦然。但请注意,对于该解决方案,割成本将保持不变。

带关系权重的变异

在此示例中,我们将探讨添加关系权重如何影响我们的解决方案。

以下将在 mutate 模式下再次运行算法,将我们的节点划分为两个社区
CALL gds.maxkcut.mutate(
   'myGraph',
   {
        relationshipWeightProperty: 'value',
        mutateProperty: 'weightedCommunity'
    }
)
YIELD cutCost, nodePropertiesWritten
表 10. 结果
cutCost nodePropertiesWritten

146.0

7

由于我们的 TRANSACTION 关系上的 value 属性都至少为 1.0,并且有几个值更大,因此在加权情况下我们获得更高成本的割并不奇怪。

现在让我们流式传输节点属性,再次检查节点社区分布。

流式节点属性
CALL gds.graph.nodeProperty.stream('myGraph', 'weightedCommunity')
YIELD nodeId, propertyValue
RETURN gds.util.asNode(nodeId).name as name, propertyValue AS weightedCommunity
表 11. 结果
名称 weightedCommunity

"Alice"

0

"Bridget"

1

"Charles"

0

"Doug"

1

"Eric"

1

"Fiona"

1

"George"

1

将此结果与无权重情况的结果进行比较,我们可以看到 Bridget 已移至另一个社区,但输出其他方面相同。确实,通过查看我们的图,这很有道理。Bridget 通过八个关系连接到社区 1 的节点,但这些关系的权重都是 1.0。尽管 Bridget 只连接到两个社区 0 的节点,但这些关系的权重分别为 81.045.0。将 Bridget 移回社区 0 会降低总割成本,即 81.0 + 45.0 - 8 * 1.0 = 118.0。因此,Bridget 现在在社区 1 中是合理的。事实上,这是加权情况下的最大 2-割。

由于近似最大 k-割算法固有的随机性(除非 concurrency = 1randomSeed 固定),再次运行可能会产生不同的解决方案。对于我们的情况,获得逆解也是同样合理的,即当我们的社区 0 节点映射到社区 1 而不是社区 0 时,反之亦然。但请注意,对于该解决方案,割成本将保持不变。

stream 执行模式下,算法返回每个节点的近似最大 k-割。这允许我们直接检查结果或在 Cypher 中进行后处理,而没有任何副作用。

有关 stream 模式的更多详细信息,请参阅

以下将使用默认配置参数在 stream 模式下运行算法
CALL gds.maxkcut.stream('myGraph')
YIELD nodeId, communityId
RETURN gds.util.asNode(nodeId).name AS name, communityId
表 12. 结果
名称 communityId

"Alice"

0

"Bridget"

0

"Charles"

0

"Doug"

1

"Eric"

1

"Fiona"

1

"George"

1

我们可以看到结果符合预期,与无权重变异示例中的结果相同。

由于近似最大 k-割算法固有的随机性(除非 concurrency = 1randomSeed 固定),再次运行可能会产生不同的解决方案。对于我们的情况,获得逆解也是同样合理的,即当我们的社区 0 节点映射到社区 1 而不是社区 0 时,反之亦然。但请注意,对于该解决方案,割成本将保持不变。

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