训练管道

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训练模式 gds.beta.pipeline.nodeClassification.train 负责数据拆分、特征提取、模型选择、训练以及存储模型以备将来使用。运行此模式会生成一个 NodeClassification 类型的分类模型,该模型随后会存储在模型目录中。该分类模型可以应用于一个可能不同的图,以对节点进行分类。

更具体地说,训练过程如下:

  1. 在图上应用根据添加节点属性添加的节点属性步骤。每个步骤的图过滤器包括 contextNodeLabels + targetNodeLabelscontextRelationships + relationshipTypes

  2. targetNodeLabels 过滤器应用于图。

  3. 选择将用作特征的节点属性,具体如添加特征中所述。

  4. 将输入图分为两部分:训练图和测试图。这在配置节点拆分中进行了描述。这些图是内部管理的,仅在训练期间存在。

  5. 使用分层 k 折交叉验证拆分训练图中的节点。折叠数 k 可以按照配置节点拆分中的描述进行配置。

  6. 参数空间中定义的每个模型候选者都在每个训练集上进行训练,并在每个折叠的相应验证集上进行评估。评估使用指定的首要指标

  7. 根据首要指标的最高平均分数选择性能最佳的模型。

  8. 在整个训练图上重新训练获胜模型。

  9. 评估获胜模型在整个训练图和测试图上的性能。

  10. 在整个原始图上重新训练获胜模型。

  11. 模型目录中注册获胜模型。

以上步骤逻辑上描述了该过程的作用。实际步骤及其在实现中的顺序可能有所不同。
一个步骤只能使用输入图中已存在的节点属性,或由之前添加的步骤生成的节点属性。
不支持在同一图上并行执行同一管道。

指标

Neo4j GDS 库中的节点分类模型支持以下评估指标:

  • 全局指标

    • F1_WEIGHTED

    • F1_MACRO

    • ACCURACY

    • OUT_OF_BAG_ERROR (仅适用于随机森林,且仅提供验证和测试分数)

  • 按类指标

    • F1(class=<number>)F1(class=*)

    • PRECISION(class=<number>)PRECISION(class=*)

    • RECALL(class=<number>)RECALL(class=*)

    • ACCURACY(class=<number>)ACCURACY(class=*)

* 是一种语法糖,用于报告图中每个类的指标。当使用按类指标时,报告的指标会包含诸如 ACCURACY_class_1 之类的键。

训练期间可以指定多个指标,但只有第一个指定的(即 primary 指标)用于评估,所有指标的结果都存在于训练结果中。主指标不能是 * 扩展,因为扩展后的指标中哪个应作为 primary 指标存在歧义。

OUT_OF_BAG_ERROR 仅针对随机森林模型计算,并评估为多数投票的准确性,其中对于每个示例,仅考虑在训练期间未使用该示例的树。每棵树使用的训练集比例由配置参数 numberOfSamplesRatio 控制。在交叉验证阶段评估时,OUT_OF_BAG_ERROR 作为验证分数报告。如果随机森林模型获胜,则会根据在整个训练集上重新训练模型的结果,将其作为测试分数报告。

语法

在命名图上以训练模式运行节点分类
CALL gds.beta.pipeline.nodeClassification.train(
  graphName: String,
  configuration: Map
) YIELD
  trainMillis: Integer,
  modelInfo: Map,
  modelSelectionStats: Map,
  configuration: Map
表 1. 参数
名称 类型 默认值 可选 描述

graphName

字符串

不适用

存储在目录中的图的名称。

configuration

映射

{}

算法特定配置和/或图过滤。

表 2. 配置
名称 类型 默认值 可选 描述

pipeline

字符串

不适用

要执行的管道名称。

targetNodeLabels

字符串列表

['*']

使用给定的节点标签过滤命名图,以获取用于训练和评估的节点。

relationshipTypes

字符串列表

['*']

使用给定的关系类型过滤命名图。

concurrency

整数

4 [1]

用于运行算法的并发线程数。

jobId

字符串

内部生成

一个可提供的 ID,用于更轻松地跟踪算法进度。

logProgress

布尔值

true

如果禁用,则不会记录进度百分比。

targetProperty

字符串

不适用

节点的类别。必须是整数类型。

metrics

字符串列表

不适用

用于评估模型的指标

randomSeed

整数

不适用

训练期间使用的随机数生成器的种子。

modelName

字符串

不适用

要训练的模型名称,该名称必须在模型目录中不存在。

storeModelToDisk

布尔值

false

训练后自动将模型存储到磁盘。

1. 在 GDS 会话中,默认值为可用处理器数量。

表 3. 结果
名称 类型 描述

trainMillis

整数

训练使用的毫秒数。

modelInfo

映射

关于训练和获胜模型的信息。

modelSelectionStats

映射

所有模型候选者的评估指标统计数据。

configuration

映射

训练过程使用的配置。

modelInfo 也可以稍后通过使用模型列表过程来检索。modelInfo 返回字段包含以下算法特定的子字段:

表 4. modelSelectionStats 字段
名称 类型 描述

bestParameters

映射

根据主要指标在验证折叠上平均表现最佳的模型参数。

modelCandidates

列表

映射列表,每个映射包含一个模型候选者的信息。此信息包括候选者参数、训练统计和验证统计。

bestTrial

整数

生成最佳模型的试验。第一个试验编号为 1。

表 5. modelInfo 字段
名称 类型 描述

modelName

字符串

训练模型的名称。

modelType

字符串

训练模型的类型。

classes

整数列表

类别 ID 的排序列表,这些 ID 是 targetProperty 在整个图中的唯一值。

bestParameters

映射

根据主要指标在验证折叠上平均表现最佳的模型参数。

metrics

映射

从指标描述到获胜模型在数据子集上的评估指标的映射,详见下文。

nodePropertySteps

映射列表

在管道内生成节点属性的算法。

featureProperties

字符串列表

选作管道模型输入特征的节点属性。

modelInfo 的结构是

{
    bestParameters: Map,                (1)
    nodePropertySteps: List of Map,
    featureProperties: List of String,
    classes: List of Integer,           (2)
    metrics: {                          (3)
        <METRIC_NAME>: {                (4)
            test: Float,                (5)
            outerTrain: Float,          (6)
            train: {                    (7)
                avg: Float,
                max: Float,
                min: Float,
            },
            validation: {               (8)
                avg: Float,
                max: Float,
                min: Float,
                params: Map
            }
        }
    }
}
1 最佳评分模型候选配置。
2 类别 ID 的排序列表,这些 ID 是 targetProperty 在整个图中的唯一值。
3 metrics 映射包含每个指标描述的条目,以及该指标的相应结果。
4 过程中配置指定的指标名称,例如 F1_MACRORECALL(class=4)
5 获胜模型在测试集上评估的数值。
6 获胜模型在外部训练集上评估的数值。
7 train 条目总结了 train 集上的指标结果。
8 validation 条目总结了 validation 集上的指标结果。

在 (5)-(7) 中,如果指标是 OUT_OF_BAG_ERROR,则不报告这些统计数据。OUT_OF_BAG_ERROR 仅在 (8) 中作为验证指标报告,并且仅当模型是随机森林时。

除了过程产生的数据之外,在过程进行过程中,还有大量关于训练的信息被发送到 Neo4j 数据库的日志中。

例如,每个模型候选者的性能如何会以 info 日志级别记录,并最终出现在数据库的 neo4j.log 文件中。

某些信息仅以 debug 日志级别记录,并最终出现在数据库的 debug.log 文件中。例如,在模型候选者训练(模型选择阶段)期间,训练方法特定的元数据(如逻辑回归的每 epoch 损失)就是如此。请注意,此特定数据不会由过程调用产生。

示例

以下所有示例都应在空数据库中运行。

这些示例通常使用Cypher 投影。原生投影将在未来版本中弃用。

在本节中,我们将展示在具体图上运行节点分类训练管道的示例。目的是说明结果的外观,并提供如何在实际设置中使用模型的指南。我们将在一个由少量代表房屋的节点组成的小图上进行此操作。这是一个多类分类的示例,class 节点属性的离散值决定了类的数量,在本例中为三个(0、1 和 2)。示例图如下所示:

node property pipeline graph
以下 Cypher 语句将在 Neo4j 数据库中创建示例图:
CREATE
  (gold:House {color: 'Gold', sizePerStory: [15.5, 23.6, 33.1], class: 0}),
  (red:House {color: 'Red', sizePerStory: [15.5, 23.6, 100.0], class: 0}),
  (blue:House {color: 'Blue', sizePerStory: [11.3, 35.1, 22.0], class: 0}),
  (green:House {color: 'Green', sizePerStory: [23.2, 55.1, 0.0], class: 1}),
  (gray:House {color: 'Gray', sizePerStory: [34.3, 24.0, 0.0],  class: 1}),
  (black:House {color: 'Black', sizePerStory: [71.66, 55.0, 0.0], class: 1}),
  (white:House {color: 'White', sizePerStory: [11.1, 111.0, 0.0], class: 1}),
  (teal:House {color: 'Teal', sizePerStory: [80.8, 0.0, 0.0], class: 2}),
  (beige:House {color: 'Beige', sizePerStory: [106.2, 0.0, 0.0], class: 2}),
  (magenta:House {color: 'Magenta', sizePerStory: [99.9, 0.0, 0.0], class: 2}),
  (purple:House {color: 'Purple', sizePerStory: [56.5, 0.0, 0.0], class: 2}),
  (pink:UnknownHouse {color: 'Pink', sizePerStory: [23.2, 55.1, 56.1]}),
  (tan:UnknownHouse {color: 'Tan', sizePerStory: [22.32, 102.0, 0.0]}),
  (yellow:UnknownHouse {color: 'Yellow', sizePerStory: [39.0, 0.0, 0.0]}),

  // richer context
  (schiele:Painter {name: 'Schiele'}),
  (picasso:Painter {name: 'Picasso'}),
  (kahlo:Painter {name: 'Kahlo'}),

  (schiele)-[:PAINTED]->(gold),
  (schiele)-[:PAINTED]->(red),
  (schiele)-[:PAINTED]->(blue),
  (picasso)-[:PAINTED]->(green),
  (picasso)-[:PAINTED]->(gray),
  (picasso)-[:PAINTED]->(black),
  (picasso)-[:PAINTED]->(white),
  (kahlo)-[:PAINTED]->(teal),
  (kahlo)-[:PAINTED]->(beige),
  (kahlo)-[:PAINTED]->(magenta),
  (kahlo)-[:PAINTED]->(purple),
  (schiele)-[:PAINTED]->(pink),
  (schiele)-[:PAINTED]->(tan),
  (kahlo)-[:PAINTED]->(yellow);

有了 Neo4j 中的图,我们现在可以将其投影到图目录中,为管道执行做准备。我们使用 Cypher 投影,目标是 HouseUnknownHouse 标签。我们还将投影 sizeOfStory 属性用作模型特征,并投影 class 属性用作目标特征。

以下语句将使用 Cypher 投影投影一个图,并将其存储在图目录中,名称为“myGraph”。
MATCH (house:House|UnknownHouse)
RETURN gds.graph.project(
  'myGraph',
  house,
  null,
  {
    sourceNodeLabels: labels(house),
    targetNodeLabels: [],
    sourceNodeProperties: house { .sizePerStory, .class },
    targetNodeProperties: {}
  }
)

内存估算

首先,我们将使用 estimate 过程来估算运行算法的成本。这可以通过任何执行模式完成。在此示例中,我们将使用 train 模式。估算算法有助于了解在图上运行算法对内存的影响。当您稍后实际以其中一种执行模式运行算法时,系统将执行估算。如果估算显示执行极有可能超出其内存限制,则将禁止执行。要了解更多信息,请参阅自动估算和执行阻止

有关 estimate 的更多详细信息,请参阅内存估算

以下将估算在训练模式下运行算法所需的内存:
CALL gds.beta.pipeline.nodeClassification.train.estimate('myGraph', {
  pipeline: 'pipe',
  targetNodeLabels: ['House'],
  modelName: 'nc-model',
  targetProperty: 'class',
  randomSeed: 2,
  metrics: [ 'ACCURACY' ]
})
YIELD requiredMemory
表 6. 结果
requiredMemory

"[1264 KiB ... 1337 KiB]"

如果节点属性步骤没有实现估算,则该步骤将在估算中被忽略。

训练

在以下示例中,我们将演示在此图上运行节点分类训练管道。我们将训练一个模型,根据房屋的 sizePerStory 属性预测其所属的类别。

以下将使用管道训练模型:
CALL gds.beta.pipeline.nodeClassification.train('myGraph', {
  pipeline: 'pipe',
  targetNodeLabels: ['House'],
  modelName: 'nc-pipeline-model',
  targetProperty: 'class',
  randomSeed: 1337,
  metrics: ['ACCURACY', 'OUT_OF_BAG_ERROR']
}) YIELD modelInfo, modelSelectionStats
RETURN
  modelInfo.bestParameters AS winningModel,
  modelInfo.metrics.ACCURACY.train.avg AS avgTrainScore,
  modelInfo.metrics.ACCURACY.outerTrain AS outerTrainScore,
  modelInfo.metrics.ACCURACY.test AS testScore,
  [cand IN modelSelectionStats.modelCandidates | cand.metrics.ACCURACY.validation.avg] AS validationScores
表 7. 结果
winningModel avgTrainScore outerTrainScore testScore validationScores

{batchSize=100, classWeights=[], focusWeight=0.0, learningRate=0.001, maxEpochs=500, methodName="LogisticRegression", minEpochs=1, patience=1, penalty=5.881039654, tolerance=0.001}

1.0

1.0

1.0

[0.8, 0.0, 0.5, 0.9, 0.8]

在这里,我们可以观察到,惩罚项为 5.881 的模型候选在训练阶段表现最佳,在训练图和测试图上的 ACCURACY 分数均为 1。这个模型是自动调优发现的。这表明该模型对训练图的反应非常好,并且能够很好地泛化到未见过的数据。请注意,这只是一个非常小图上的玩具示例。为了获得更高的测试分数,我们可能需要使用更好的特征、更大的图或不同的模型配置。

为节点属性步骤提供更丰富的上下文

在上面的例子中,我们投影了一个不带关系的 House 子图,并将其用于训练和测试。原始图中的许多信息并未被使用。我们可能希望利用更多的节点和关系类型来生成节点属性(和链接特征),并调查它是否能改善节点分类。我们可以通过在添加节点属性步骤时传入 contextNodeLabelscontextRelationshipTypes 来实现这一点。

以下语句将使用 Cypher 投影投影一个包含房屋及其画家信息的图,并将其存储在图目录中,名称为“paintingGraph”。

MATCH (house:House)
OPTIONAL MATCH (painter:Painter)-[r:PAINTED]->(house:House)
RETURN gds.graph.project(
  'paintingGraph',
  painter,
  house,
  {
    sourceNodeLabels: ['Painter'],
    targetNodeLabels: ['House'],
    sourceNodeProperties: {},
    targetNodeProperties: house { .class },
    relationshipType: 'PAINTED'
  },
  { undirectedRelationshipTypes: ['PAINTED'] }
)

我们仍然训练一个模型来预测每栋房屋的类别,但除了 House 之外,还使用 PainterPAINTED 作为上下文来生成利用完整图结构的特征。然而,在特征生成之后,只有 House 节点被视为训练和评估实例,因此只有 House 节点需要具有目标属性 class

首先,我们创建一个新的管道。

CALL gds.beta.pipeline.nodeClassification.create('pipe-with-context')

其次,我们添加一个节点属性步骤(在本例中是节点嵌入),其中 Painter 作为 contextNodeLabels。

CALL gds.beta.pipeline.nodeClassification.addNodeProperty('pipe-with-context', 'fastRP', {
embeddingDimension: 64,
iterationWeights: [0, 1],
mutateProperty:'embedding',
contextNodeLabels: ['Painter']
})

我们将嵌入作为模型的特征。

CALL gds.beta.pipeline.nodeClassification.selectFeatures('pipe-with-context', ['embedding'])

我们通过添加一个逻辑回归模型候选来完成管道设置。

CALL gds.beta.pipeline.nodeClassification.addLogisticRegression('pipe-with-context')

我们现在已准备好调用新创建管道的训练。

以下将使用上下文配置的管道训练模型:
CALL gds.beta.pipeline.nodeClassification.train('paintingGraph', {
  pipeline: 'pipe-with-context',
  targetNodeLabels: ['House'],
  modelName: 'nc-pipeline-model-contextual',
  targetProperty: 'class',
  randomSeed: 1337,
  metrics: ['ACCURACY']
}) YIELD modelInfo, modelSelectionStats
RETURN
  modelInfo.bestParameters AS winningModel,
  modelInfo.metrics.ACCURACY.train.avg AS avgTrainScore,
  modelInfo.metrics.ACCURACY.outerTrain AS outerTrainScore,
  modelInfo.metrics.ACCURACY.test AS testScore,
  [cand IN modelSelectionStats.modelCandidates | cand.metrics.ACCURACY.validation.avg] AS validationScores
表 8. 结果
winningModel avgTrainScore outerTrainScore testScore validationScores

{batchSize=100, classWeights=[], focusWeight=0.0, learningRate=0.001, maxEpochs=100, methodName="LogisticRegression", minEpochs=1, patience=1, penalty=0.0, tolerance=0.001}

1.0

1.0

1.0

[1.0]

正如我们所见,结果表明画家信息足以完美地对房屋进行分类。这种变化是由于嵌入考虑了更多的上下文信息。虽然这只是一个玩具示例,但额外的上下文有时可以为管道步骤提供有价值的信息,从而带来更好的性能。

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